为适应广东省高水平大学建设，跨越式提升数学学科的水平，实现以纯粹数学为基础，应用数学为优势和特色，建设国内一流的数学学科的目标，因而组建华南数学应用与交叉中心。
数学应用和交叉中心为校级独立科研机构。中心以科学研究为主导，以国家和广东省重大需求和问题为驱动，科研与人才培养并重，多学科深度融合的数学应用和交叉中心。近期目标是建设成为华南地区首屈一指的数学应用和交叉中心。中远期目标是建成国内一流，在国际上有较大影响的研究中心，成为国家在应用数学领域在华南地区的一个重要布局点。
中心先期以应用分析与大型科学计算与应用为突破口，逐步组建纯粹与应用数学，大型科学计算及其应用，统计学及其在金融、气象、交通等领域中的应用，大数据分析与图像处理及其应用，数学及其在生物、医学等领域中的应用等研究团队。中心长期将根据事业发展逐步与其他优势学科如心理学、教育学、光学、材料科学等学科高度融合，形成学科交叉，并建立相应的研究团队。